二十万百姓聚居在淡水，万华两地，开荒建城，台湾三司也设在万华。台湾镇军大营则设在淡水红毛城，也就是荷兰人修建的军事堡垒，南居益已经招募了一万五千人，五千水军，一万步军，以开原老兵为骨干正在加紧操练。马城创造的士官制度再次发挥出奇效，一万步军经过了三个月的新兵训练期便大举南进。台湾南部是土著聚居区，人口几十万还处于原始社会，生活在终年不见天日的山里。
这几十万土著山民性情十分暴躁残忍，纯粹是没开化的野人。
深入山区的新编台湾镇军很快遭遇了土著的反抗，大部由新兵组成的镇军表现十分拙劣，前锋两个步营一千多号全副武装的人马，居然被凶悍的土著夜里袭营，炸营了，气的南居益狠狠砍了几个脑袋。只砍了几个脑袋也就罢了，因为大部分被俘士卒都无法追究责任，三百多被俘台湾镇军被残忍的土著通通砍了脑袋。
三百颗血淋淋的脑袋挂在树上，一片哗然，从南居益到普通士卒鸦雀无声。马城只有苦笑的份，大明将士没有海外扩张的经验呀，第一次试验性质的海外殖民就碰了个大钉子，整整两营武装到牙齿的明军，装备着欧洲最先进的重型火绳枪，居然被土著的木棒弓箭打的几乎全军覆没。
军民震动，训练不足的台湾镇军不得不停下来，边打边练。台湾巡抚南居益拿出真金白银，一道军令，凡在台湾行省登记造册的大明男子，从十六岁以上到四十岁以下，分批次进军营接受训练，接受为期三个月的新兵训练，真正的全民皆兵，也是台湾行省人口太少做出的无奈决策。
开荒的脚步停了下来，台湾三司开始集中兵力剿灭土著。和土著原始人没什么道理可讲，山中土著和野人没什么分别，一旦落入土著手中便死定了，还死的极惨。惨败的明军也渐渐残暴起来，抓到野人也通通砍头，到天气逐渐变的炎热起来，台湾镇军和土著的战争也到了白热化阶段，大批完成了新兵训练的青壮支援到前线，每到一地便清剿一地，并筑堡为营，进展虽然缓慢却逐渐占据了优势。
在这场漫长的殖民战争中，也不知多少明人死在台湾的大山里。然而在马城看来这都是值得的，这是大明第一次由官府主导的对外殖民战争，第一次嘛难免有些生疏，这场殖民战争最大的作用，便是培养出一大批，能熟练使用近代滑膛武器的合格近代士兵，殖民战争，真正是锤炼一个民族的试金石。
台湾新军和密云新军，走的完全是两种截然不同的建军路子。京畿密云新军是全封闭训练，等待一个合适的机会一鸣惊人，台湾新军则是边打边练，在和土著的战争中快速成长。这两条路子也是马城对大明新军，成军之路的摸索试探，如今看来台湾新军在实战中练兵的法子，效果极好。
台湾土著是极好的练兵对手，不太强也不太弱，刚刚好可以用来练兵。
土著打仗也没什么章法，几个大寨子集合起来从深山林子，漫山遍野的钻出来发动人海战术，就这一招就很难应付，经常打的明军促不及防。吃亏吃的多了明军也学乖了，每到一地就伐木，烧山，在残酷的殖民战争中学会到清理射界，制造无人区，如何构筑对自己有利的战场。土著还是原始社会，每次出战都不留余地，自己先将家中老弱妇孺杀死，只留下能打仗的成年男子。
明军先是对土著残忍的做法心中畏惧，然后麻木，最后变的杀人不眨眼成为一名合格的士兵。半年时间明军深入到台中，再也无力进攻，南居益下令在台中大兴土木建立台中府，两万阵军驻扎在台中一面休养补给，一面派遣官员开府建衙。
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