随着游戏的剧情，关于《传送门》背后的故事也逐渐的揭露在了玩家的面前。
如同游戏的类型是益智解谜一样。
《传送门》中的一个剧情，同样也是需要玩家一点点拼凑的。
包括机器人的对话，还有场景中的一些线索。
只有将这些东西串联起来，才能够得到一个完整的故事。
而跟梦境记忆中不同的地方，那就是杨晨将后续的一个剧情，跟前面进行了一个联合。
只不过玩家在这之中还是要通过游戏中的一些线索，才能够明白这一切。
在当初游戏中玩家操纵的主角雪儿，将GLaDOS的核心扔进焚化炉导致过载爆炸后。
雪莉被炸出了地面，但很快又被机器人给拖回了光圈科技中。
随后鼠人在休闲中心的低温冷冻室中找到了雪儿，并派护送机器人将她安置在该低温室中。
而鼠人决定尝试通过冷冻控制来挽救她，但哨兵塔楼阻碍了他的前进。
他在墙上找到一块面板，很快就意识到GLaDOS的毁坏炸毁了主电网，结果包括雪儿在内的所有冷冻室都掉线了。
鼠人随后试图越过炮塔，但被击中大腿。
鼠人用尽全力将雪儿的冷冻装置修补到备用网格中，并重新启动她的生命维持系统，该方法可以正常工作，但会让雪儿永久睡眠，直到她被唤醒。
同时由于雪儿对GLaDOS的破坏，本应在仓库待机的惠特利以及许多其他人格核心被激活，开始维护光圈设施，但还是有很多核心出现问题，有的电量低，以及程序不正常。
度过了不知道多长时间，惠特利将雪儿给唤醒，同时将整个冷冻装置进行移动。
而移动的过程中，惠特利开始担心整个设施的荒废、并试图修复这一切，所以他引导雪儿回到破旧的1代实验室并拿到传送枪。
只不过惠特利的就如同竞技游戏里的猪队友一样，诠释了什么叫做愚蠢。
在穿过数个实验室之后，回到一代中GLaDOS主机残骸处，然而在主角与惠特利试着开启逃生舱时，意外的重新启动了GLaDOS的系统。
GLaDOS并未原谅雪儿多年前在一代中曾“谋杀”她的往事，还把雪儿再次带进无止尽的实验中，并且开始重建整个荒废的光圈科技设施。
“我想只有在科学这件事情，我俩才能将彼此间的歧见暂时搁在一边，你这个怪物。”
于是噩梦降临，可怜的雪儿被踢入残破不堪的迷宫继续测试，不过这次的迷宫大阵中不再只有GLaDOS独自喋喋不休的电子语音，还多了惠特利这个“愚蠢”的核心机器人。
不过随着游戏的一个剧情推进，就如同在之前的剧情里面，GLaDOS欺骗了雪儿。
这一次GLaDOS则是告诉了玩家惠特利为什么会那么蠢的原因。
原来惠特利是光圈科技科学家们专门用来限制干扰GLaDOS思想，促使她作出错误决策的核心，称愚蠢思想核心。
GLaDOS的嘲讽让惠特利难以忍受，于是一直让玩家以为是帮手，但只是有点蠢的惠特利则同样是背叛了玩家。
整个游戏故事贯穿着“谎言”一词，至始至终。
可真正让人意外的地方，那就是伴随着剧情的推进，GLaDOS却给了玩家不一样的感觉。
相较于惠特利，还有其他科幻类题材的人工智能AI。